A Pró-Reitoria de Pós-Graduação foi criada pelo Decreto 45.536, do Governo do Estado de Minas Gerais, de 27 de janeiro de 2011, em conformidade com as leis delegadas nº 179 (1º de janeiro), nº 180 e nº 181, de 20 de janeiro de 2011, que reorganiza a estrutura da Universidade Estadual de Montes Claros. Até então, estava agregada à Pró-reitoria de Pesquisa.
A pós-graduação na Unimontes estrutura-se em duas modalidades: pós-graduação lato sensu (cursos de especialização direcionados à capacitação profissional ou científica) e pós-graduação stricto sensu (mestrado e doutorado), direcionados à formação de recursos humanos altamente qualificados, com vistas ao ensino, à pesquisa e ao desenvolvimento científico e tecnológico.
A Pró-Reitoria de Pós Graduação tem como objetivos: promover a qualificação de recursos humanos por meio de cursos de especialização, de mestrado e de doutorado próprios e/ou por meio de mestrados e doutorados interinstitucionais ou profissionais; promover o intercâmbio técnico e científico da pós-graduação na Unimontes com outras instituições brasileiras ou internacionais.